Việc thực hiện Advent Children hình thành khi Nojima Kazushige nảy ra ý tưởng "Hãy viết câu chuyện về Cloud và Tifa cùng những đứa trẻ". Visual Works hãng chuyên làm các phim dựng hình đồ họa 3D cho Square đã chọn Final Fantasy VII làm tựa chính cho bộ phim mà sắp làm. Phòng nghiên cứu và phát triển của Square đã làm việc với ý tưởng của bộ phim, đạo diễn Nomura Tetsuya đã tham gia đội ngũ làm phim sau khi nhà sản xuất Kitase Yoshinori kêu ông cùng tham gia. Advent Children có kế hoạch ban đầu là trò chơi nối tiếp cho Final Fantasy VII nhưng Nomura nói rằng đó là việc không thể do một số yếu tố trong đó có việc Visual Works không làm trò chơi điện tử. Vì thế nhóm thực hiện quay lại kế hoạch ban đầu là chỉ thực hiện bộ phim dựa trên cốt truyên. Những người thực hiện của bộ phim không có kinh nghiệm về việc làm làm một bộ phim như thế nào để và chỉ có thể dựa vào kinh nghiệm thực hiện những đoạn phim trong trò chơi. Họ đã sử dụng máy quét chuyển động ba chiều để thực hiện các cảnh chiến đấu, nhưng những cảnh nhân vật chuyển động một cách rất khó và gần như không thể so với người bình thường thì được thực hiện bằng tay. Vào tháng 10 năm 2003 Nomura, nói bộ phim đã hoàn thành được 10% cũng khá lâu từ khi kịch bản được viết và không phải tất cả các nhân vật đều đã được thiết kế. Nomura cảm thấy Advent Children hoàn toàn khác các phim của Hollywood. Những người tham gia thực hiện bộ phim nói họ có cảm giác và giải thích khác nhau khi xem các cảnh khác nhau trong phim, Nomura nghĩ rằng việc mỗi người cảm nhận bộ phim một cách khác nhau là một đặc điểm của bộ phim.

Bộ phim tập trung vào hai nhân vật Cloud và Tifa giống như các tác tác phẩm khác trong dòng Compilation of Final Fantasy VII tập trung vào các nhân vật mà nó nói đến. Nomura cho biết bộ phim ban đầu chỉ dài 20 phút. Kịch bản gốc xoay quanh một tin nhắn được gửi đến cho Cloud bởi một người nào đó, tin nhắn đó được chuyển đến cho Cloud thông qua nhiều đứa trẻ và Cloud muốn tìm xem ai là người gửi tin nhắn đó. Nomura rất thích kịch bản ban đầu, nó đã trở thành nền tảng cho chủ đề kết thúc bộ phim. Ông quyết định làm cho bộ phim trở lên dài hơn dự tính ban đầu vì những lời nói đầu xuất hiện trong bộ phim đã kích thích Nomura. Nhóm làm phim đã quyết định bộ phim sẽ dài 60 phút nhưng sau khi thiết kế bộ phim kéo dài ra 100 phút. Nojima mêu tả chủ đề của bộ phim là "sống còn" và Nomura nhận xét ​​rằng chủ đề đó không khớp lắm với cốt truyện. Một chủ đề khác trong bộ phim là sự dằn vặt trong Cloud khi không thể cứu được các bạn của mình là Zack và Aerith. Những cảm xúc này được tượng trưng bởi một con sói xám xuất hiện trong những cảnh Cloud nghĩ về họ. Con sói biến mất vào cuối của bộ phim như Cloud đã trở nên thanh thản với các cảm xúc của mình. Từ "children" được dùng để nói về những đứa trẻ trong bộ phim tượng trưng cho "thế hệ tiếp theo".

Nozue Takeshi và Nomura cùng làm đạo diễn cho bộ phim đã từng làm việc chung với nhau trong dự án trò chơi Kingdom Hearts. Nomura cảm thấy nên thêm chiều sâu cho các cảnh của bộ phim. Nozue đã nói rằng khi ông tiến hành công việc là vì ông đã quen với đồ họa 3D nên cảm thấy rằng các bản vẽ cảnh 2D quá đơn giản. Vì vậy, cho dù chỉ với vài bản vẽ tay 2D về phong cảnh cũng gây khó khăn trong việc chọn tư thế nhân vật và góc quay như thế nào khi dựng thành 3D. Trong việc làm các cảnh chiến đấu, Nozue và Nomura đầu tiên thảo luận về các thiết lập và bố trí sau đó các thành viên tham gia ý kiến đưa ra ý tưởng, sau cùng họ chọn những ý tưởng tốt nhất để thực hiện cảnh quay. Cảnh chiến đấu giữa nhóm của Cloud và Bahamut là cảnh quay khó nhất mà nhóm làm phim phải thực hiện với phong cảnh rất rộng cùng nhiều vật thể khác nhau mà nhóm làm phim đã phải cố làm sao cho nó trông thực nhất. Việc các nhân vật kể cả Bahamut thay đổi vị trí và tư thế liên tục đã khiến cho nhóm làm phim mất một thời gian dài để hoàn tất cảnh quay. Nomura nói rằng nhóm làm phim đã quyết định không lo về việc các cảnh chiến đấu phải trông giống thực, không cần có những hạn chế, chỉ cần chúng trông ấn tượng. Vì thế họ đã thực hiện các cảnh chiến đấu theo trí tưởng tượng của họ.

Nhóm làm phim gặp rắc rối với việc thiết kế nhân vật và cảm thấy gần như không thể trong việc thiết kế lại để mang các nhân vật từ Final Fantasy VII sang bộ phim với hình dáng người thật được, một thông số về nhân vật trong trò chơi phải được thay đổi. Nhân vật Cloud được thiết kế lại dựa trên việc kết hợp sáu bản thiết kế mới để trông giống thật. Nhân vật Sephiroth cũng khó để thiết kế và nhân vật này đã làm nhóm làm phim mất hai năm để hoàn chỉnh vì thế nhân vật này chỉ xuất hiện ở phần gần cuối phim. Nozue gặp vấn đề trong việc thiết kế nhân vật Tifa với tiêu chí cơ thể của cô phải "Cân đối và vẫn toát ra vẻ nữ tính". Tháng 4 năm 2003 việc thiết kế 3 nhân vật Kadaj, Loz và Yazoo được thực hiện với tiêu chí dựa trên hình ảnh của Sephiroth với sự tàn ác, sức mạnh và sức hấp dẫn. Vì dựa trên hình ảnh Sephiroth nên bộ ba này phải trông trẻ hơn Cloud để hợp với chủ đề "thế hệ kế tiếp". Trong lúc làm bộ phim nhóm làm phim thấy nhân vật Aerith không được nhắc đến trong kịch bản gốc. Nhóm làm phim đã quyết định thêm vào một số cảnh có nhân vật này để nói họ không quên mất cô.